（1）由中国科学院院士、中国工程院院士和国内外知名学者组成重点实验室学术委员会，负责审议实验室的发展目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题、组织论文答辩及成果评价。学术委员会会议每年召开一次。学术委员会按照《材料基因组工程北京市重点实验室学术委员会工作条例》开展工作。
（2）由实验室主任、副主任和有关人员组成重点实验室管理委员会。在实验室学术委员会和实验室管理委员会的领导下，制定实验室建设的具体实施细则与阶段工作目标和计划，并组织实验室所属各研究中心具体执行。统筹协调各个研究中心的建设，协调解决重点实验室建设中的各项具体问题。对实验室的资源、人员、科技成果的调配、流动、共享、转化等实现统一管理。如图3所示。
（3）实验室实行主任负责制。实验室主任全面负责组织实施实验室的建设、发展、科研、管理、人才培养及对外交流工作。根据《材料基因组工程北京市重点实验室建设管理办法》和《材料基因组工程北京市重点实验室工作条例》的有关条款进行实验室的管理工作，定期召开各个研究中心主任和课题组长会议，研究工作，制定政策，以稳定实验室固定技术队伍及促进科研人员的流动和学科的相互渗透，努力吸收和培养青年科技人员，吸收有成就的出国留学、进修人员来实验室工作，以保持本实验室科研人员的队伍的合理结构。
（4）实验室的日常科技管理、人事管理、财务管理、物资管理、基建管理、外事工作、档案资料图书借阅、安全保卫和保密工作等各项管理工作均按照依托单位有关管理制度的规定执行，并接受依托单位党委和行政组织领导、监督和检查。
（5）实验室的人才培养中的学位授予工作，依托北京科技大学材料科学与工程学院学位分委员会进行（该委员会中已有本实验室的2位教师作为实验室的教授代表）。
（6）实验室以“以人为本”、充分调动和发挥每个成员的积极性为基本管理的原则。明确各个成员的工作和职责、权利和义务，奖罚分明。实验室将制订《材料基因组工程北京市重点实验室工作条例》、《材料基因组工程北京市重点实验室规章制度》、《材料基因组工程北京市重点实验室人员职责》和《材料基因组工程北京市重点实验室学术委员会工作条例》，内容将覆盖实验室日常管理、考核制度及奖罚制度等各个方面。
实验室运行管理将突出强调培养科研人员的责任感、调动科研人员的创新积极性，使每个科研人员个人价值的实现与实验室的发展、满足国家的需求相联系，营造激发创新的氛围。在具体管理办法上，尽量避免约束性的行政制度，取而代之的是用政策和奖励引导出良好的科研条件、发展空间、宽松灵活和谐的氛围、协调合作的人际关系。
